Фамилия Нуякшина — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает попытки разобрать корень по словарям. Если вы встретили эту фамилию, скорее всего, её носители родом с Русского Севера, из Архангельской области или соседних районов Карелии. Именно там встречается топоним Нуякша — так называется река в Онежском районе. Фамилия, скорее всего, образована от прозвища или имени, данного по месту жительства: человека, жившего на реке Нуякше, могли прозвать Нуякша, а его потомков — Нуякшины.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Нуякшин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Сама основа «Нуякша» звучит не по-русски и, вероятно, имеет финно-угорское происхождение, что логично для гидронимов Русского Севера. В языках коми или карельском «ну» может означать «мыс» или «нос», а «якша» — «река» или «протока». Таким образом, Нуякша — это «мысовая река» или «река у мыса».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «нуякша» или «нуяк». В северных говорах так могли называть неуклюжего, медлительного человека или, наоборот, того, кто «нудит» (капризничает, ноет). Однако в пользу «речной» версии говорит то, что фамилия почти не встречается за пределами Архангельской области, а в ономастических справочниках по центральной России она отсутствует.

Фамилия Нуякшина — женская форма. Мужской вариант — Нуякшин. В дореволюционной России крестьяне и мещане Севера часто не имели наследственных фамилий до середины XIX века, так что окончательно фамилия закрепилась, скорее всего, после реформ 1860-х годов. Сейчас это очень редкая фамилия — по разным оценкам, её носят не более нескольких сотен человек в России, в основном в Архангельской области и в Санкт-Петербурге, куда переезжали северяне.