Фамилия Найниш, по одной из версий, восходит к литовскому слову naũjas, которое в переводе на русский язык означает «новый, свежий». Вполне вероятно, что фамилия Найниш первоначально употреблялась в качестве личного прозвища, которое основатель рода мог получить еще при рождении от своих родителей как долгожданный первенец. Возможно также, что Найнишем могли назвать приезжего человека. Согласно другой гипотезе, фамилия Найниш связана с названием балтийского поселка Найнишки. Вероятно, родоначальник Найниш родился и жил в этих местах. Что касается конечного элемента фамилии – «ниш», то вполне возможно, что он является вариантом балтийского фамильного суффикса –ныш. Возникновение такого варианта могло произойти как в ходе развития языка, так и под непосредственным влиянием живой разговорной речи. Менее вероятной представляется связь фамилии с названием духовного музыкального инструмента най (разновидность флейты). Инструмент с таким названием встречается у многих народов: румын, молодован, узбеков, таджиков, арабов и персов. В таком случае можно предположить, что основатель рода Найниш был музыкантом, искусно игравшим на нае.