Фамилия Найниш — редкий пример фамилии, в которой балтийская основа встретилась со славянской моделью оформления. Если коротко: в основе, скорее всего, лежит литовское naũjas — «новый, свежий». Так могли назвать долгожданного первенца, родившегося в семье, где до этого долго не было детей, либо приезжего человека, который был «новым» для местного сообщества. Обе версии правдоподобны, и обе укладываются в логику прозвищ, которые закреплялись за человеком и переходили к его потомкам.

Фамилия строится по типичной для балтийских фамилий модели: корень плюс суффикс. Здесь конечный элемент «-ниш» — это, вероятно, вариант балтийского фамильного суффикса «-ныш». Такое изменение могло произойти естественным путем в живой разговорной речи, когда фамилия адаптировалась к привычному для русского уха звучанию. Подобные фонетические сдвиги — обычное дело для фамилий, которые веками бытовали на стыке культур, в зонах контакта литовского, польского и русского языков.

Есть и вторая, более локальная версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. Фамилия могла возникнуть от названия балтийского поселка Найнишки. Если родоначальник происходил из этих мест, то прозвище Найниш закреплялось за ним как указание на родину — по тому же принципу, по которому в России появлялись фамилии от названий деревень и городов. Эта версия объясняет происхождение фамилии без обращения к личным качествам человека, а просто фиксирует его географическое происхождение.

Менее вероятной выглядит связь фамилии с названием духового музыкального инструмента най — разновидности флейты, известной у румын, молдаван, узбеков, таджиков, арабов и персов. Хотя не исключено, что основатель рода действительно был музыкантом и искусно играл на нае, слишком уж далека эта культурная традиция от балтийского ареала, где фамилия, судя по всему, сформировалась. Поэтому эту гипотезу стоит рассматривать скорее как экзотическую, чем как основную.

Итоговая картина складывается такая: фамилия Найниш — почти наверняка балтийского происхождения, и ее носители вели род с территорий современной Литвы или прилегающих к ней земель. Что именно стало поводом для прозвища — рождение, переезд или место рождения — уже не установить с точностью, но само слово «новый» в основе указывает на то, что предок чем-то выделялся для окружающих именно своей новизной, свежестью появления.