Фамилия Назлиди — редчайший случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с привычными славянскими моделями. Основа фамилии — «Назли» — не имеет корней в русских прозвищах или именах, а суффикс «-ди» нехарактерен для восточнославянского словообразования. В русских фамилиях типичны суффиксы принадлежности (-ов, -ин), топонимические (-ский) или посессивные (-их), но окончание «-ди» — явный маркер иного языкового ареала.

С высокой вероятностью фамилия Назлиди имеет греческие корни. В греческом языке суффикс «-idis» (часто передаваемый в русском как «-иди» или «-ди») указывает на принадлежность к роду или происхождение от отца, аналогично русскому «-ович». Таким образом, Назлиди может означать «потомок Назли» или «из рода Назли». Имя или прозвище Назли, в свою очередь, могло быть тюркского происхождения (от «назлы» — «капризный», «нежный») или восходить к греческому диалектному слову. В любом случае, носитель такой фамилии — выходец из греческой среды, вероятно, из Причерноморья (понтийские греки) или из греческих колоний Крыма и юга Украины, где такие фамилии на «-иди» были обычны.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — грузинское происхождение. В грузинском суффикс «-дзе» (часто русифицируется как «-ди» или «-идзе») также означает «сын». Однако написание «Назлиди» сходно скорее с греческой моделью, чем с грузинской (где типично «Назлидзе»). Славянского «корня» у этой фамилии нет — это не переделанное русское прозвище, а принесённая извне родовая метка.

Для предков носителей фамилии это означало принадлежность к греческой диаспоре, которая веками жила на черноморском побережье, занимаясь торговлей, рыболовством или ремеслом. Фамилия не даёт указания на сословие или профессию, но чётко указывает на этнические корни и путь миграции — с юга, через Османскую империю или из греческих поселений, в Российскую империю. Сегодня это одна из самых редких фамилий в России, встречающаяся точечно, преимущественно в Краснодарском крае и Ростовской области.