Фамилия Нечистовский — один из тех случаев, когда внешняя форма обманчива. На первый взгляд кажется, что в основе лежит что-то «нечистое», но на самом деле всё прозаичнее. Фамилия образована по типичной польско-украинской модели с суффиксом -ский, который указывал на принадлежность к месту или на прозвище, оформленное как прилагательное. Основа здесь — «нечистый», но не в значении «грязный» или «дьявольский».

Вероятнее всего, прозвище Нечистый давали человеку, который не отличался опрятностью в быту или одежде. В крестьянской среде такое могли сказать про нерадивого хозяина, который редко мылся или ходил в засаленной одежде. Однако есть и другая, более редкая версия: в некоторых говорах «нечистым» называли человека, который не соблюдал посты или церковные правила — то есть «нечистый» в религиозном смысле. Третья версия — ироническое прозвище, данное в пику фамилиям вроде Чистовский.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям и бывшей Речи Посполитой. Суффикс -ский типичен для шляхетских фамилий, но Нечистовский — скорее всего, не дворянская, а крестьянская или мещанская, образованная от прозвища путём «облагороживания» окончания. В польской ономастике есть фамилия Nieczystowski, и русский вариант — её калька.

В современных источниках фамилия редкая. Встречается в основном на северо-западе России и в Беларуси. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не фигурирует, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер — фамилия могла закрепиться уже в XIX веке при переписях. Носителям стоит помнить: ничего мистического в корне нет, только бытовая характеристика предка.