Фамилия Нечистых — одна из тех, что бросается в глаза своей необычностью. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она образована по модели притяжательных прилагательных множественного числа с окончанием -ых. Это сразу указывает на её северное или сибирское происхождение: такие фамилии (Белых, Чёрных, Босых) типичны для старообрядческих и поморских регионов, а также для казачества. В основе лежит прозвище Нечистый — не обязательно с негативным оттенком, как может показаться сейчас.

Прозвище «Нечистый» в Древней Руси редко относилось к черту или бесу напрямую. Чаще им называли неопрятного, неряшливого человека, того, кто не следит за собой или за хозяйством. В словаре В. Даля «нечистый» — это и «грязный», и «порочный», и «непристойный». В крестьянской среде такое прозвище мог получить либо ленивый работник, либо, напротив, человек, который занимался «нечистым» делом — например, кожевенным производством или выделкой шкур, что считалось грязным ремеслом. Есть и другая версия: в некоторых говорах «нечистью» называли нечистую силу, но прозвище с таким значением давали скорее в шутку или для оберега — чтобы злые духи не тронули того, кого уже «нарекли» своим.

Суффикс -ых закрепился в фамилии, когда прозвище перешло на всю семью: «из дома Нечистых» — то есть тех, кто пошел от Нечистого. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Нечистой, но сама фамилия в форме Нечистых фиксируется позже, в основном в переписях XIX века на Русском Севере и Урале. Например, в Вологодской губернии и в Пермском крае такие фамилии не редкость.

Интересно, что фамилия не стала массовой и не ушла в дворянские роды — она осталась в среде крестьян и мещан. В советское время её могли менять из-за неблагозвучия, поэтому сейчас она встречается редко. Носители фамилии Нечистых — это, скорее всего, потомки северных или уральских крестьян, где прозвище давали по бытовому признаку, а не по связи с потусторонним миром.