Фамилия Нечухраный — редкая и выразительная, её происхождение лежит в украинской или южнорусской прозвищной традиции. В основе лежит глагол «чухрать», который в южных и западных говорах означал «чесать, скрести, драть», а в переносном смысле — «бить, сечь, хлестать». Приставка «не-» придаёт слову отрицательное значение: Нечухраный — тот, кого «не чухрали», то есть не били, не драли, не трепали. Это могло быть прозвищем спокойного, не тронутого жизнью человека, либо, напротив, ироничным именованием того, кто сам избегал драк и ссор.

Суффикс «-ый» типичен для украинских фамилий, образованных от прилагательных (сравните: Нежданный, Негребецкий). В русском языке больше распространены модели на «-ов» или «-ин», но на юге России и в Украине такие бессуффиксные формы — обычное дело. Фамилия могла появиться в казачьей среде, где прозвища часто давались по характеру или поведению: «нечухраный» — не битый, не тронутый, а значит, возможно, удачливый или просто тихоня.

Встречаются варианты написания: Нечухраный, Нечухранный, иногда с удвоенной «н», что усиливает значение прилагательного. Встречаемость фамилии крайне низкая, основные очаги — восточная Украина и прилегающие области России (Курская, Белгородская, Ростовская). В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она почти не фиксируется, что говорит о её локальном и, вероятно, позднем оформлении.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Нечухраный стоит в одном ряду с такими же «отрицательными» прозвищами, как Непейвода, Неелов, Незванов. Но если те указывали на привычку или событие, то Нечухраный — на качество, приписанное человеку. Аналогов в литературе по ономастике почти нет, что делает фамилию ценной для краеведов: она сохранила диалектное слово, почти исчезнувшее из живого языка.