Фамилия Недопасенко — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило отрицание, и это сразу даёт ключ к характеру человека, который его получил. Корень здесь — «пас» (от глагола «пасти»), а приставка «недо-» указывает на неполноту действия. Проще говоря, Недопасенко — это потомок того, кого в народе прозвали Недопас: пастух, который плохо смотрел за скотом, часто терял животных или не успевал собрать стадо. В крестьянской среде такое прозвище было не оскорблением, а скорее бытовой характеристикой, которая закреплялась за человеком и переходила к детям.

Модель образования фамилии — украинская. Суффикс «-енко» (вместо русского «-ов» или «-ин») типичен для Левобережной Украины, Слобожанщины и южных областей России, куда переселялись украинцы. Это уменьшительно-патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок»: Недопасенко — буквально «сын Недопаса». Если бы фамилия возникла в великорусских землях, она звучала бы как Недопасов.

Интересно, что фамилия Недопасенко не единственная в этом гнезде. Есть однокоренные Недопасов, Недопасин, а также более редкие Недопаска. Все они восходят к одному и тому же прозвищу, но различаются региональной привязкой и способом оформления. Встречается вариант написания с одной «с» — Недопа́сенко, но это, скорее всего, результат упрощения на письме или ошибки паспортистов.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в основном в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях. Носители были преимущественно крестьянами и казаками. Никакого дворянского или духовного происхождения у этой фамилии нет — она чисто народная, прозвищная, и говорит о конкретном занятии предка, а не о его социальном статусе.