Фамилия Нефагин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Нефагин образована от прозвища Нефага. В его основе лежит слово «невага». В Тверских говорах оно имело значение «несчастье, невзгода». Чередование согласных в/ф возникло под влиянием фонетических процессов. Маловероятно, что данное прозвище получил человек с тяжелой судьбой. Скорее всего, оно выполняло охранительную функцию. В данном случае, надеясь иметь счастливого и успешного мальчика, родители называли его Нефагой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нефага, со временем получил фамилию Нефагин. О точном месте и времени возникновения фамилии Нефагин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Нефагин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.