Фамилия Нефагина образована от прозвища Нефага. В его основе лежит слово «невага». В Тверских говорах оно имело значение «несчастье, невзгода». Чередование согласных в/ф возникло под влиянием фонетических процессов. Маловероятно, что данное прозвище получил человек с тяжелой судьбой. Скорее всего, оно выполняло охранительную функцию. По суеверному обычаю, существовавшему на Руси, подобные имена присваивались детям с целью отвращения злых сил. В данном случае, надеясь иметь счастливого и здорового мальчика, родители прозвали его Нефагой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нефага, со временем получил фамилию Нефагина.