Фамилия Нефанина — женская форма, а мужская, соответственно, Нефанин. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы, оканчивающейся на согласный, с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Нефанин — это «чей?» — сын или потомок Нефана. Ключевой вопрос — что скрывается за этим именем или прозвищем.

Самая прямая версия — происхождение от мужского имени Нефан. В русском обиходе это могла быть народная, разговорная форма канонического имени Неофит. Неофит (с греческого — «новообращённый», «новый в вере») — имя довольно редкое, но в крестьянской среде его сокращали до Нефан, Нефаня. Фамилия Нефанин в таком случае — потомок Неофита. Звучит это правдоподобнее всего, поскольку «нефанин» не имеет прямого значения в русском языке, а значит, перед нами типичное отчество от личного имени.

Есть и менее очевидная, но возможная версия: связь с глаголом «нефать». Однако это слово — диалектное и редкое. В некоторых говорах «нефать» означало «хитрить», «лукавить», «говорить невнятно». Тогда прозвище Нефан могли дать человеку с неразборчивой речью или скрытному. Но эта версия слабее: в основе фамилий редко лежат глаголы в чистом виде, обычно берут прилагательные или существительные, описывающие человека (Нефаня — скорее уменьшительно-ласкательная форма имени, чем прозвище от глагола).

Фамилия редкая, её географическое распространение неширокое. Встречается в центральных и северных областях России, где традиционно бытовали полные и сокращённые формы редких церковных имён. Сословно — это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия: в дворянской среде предпочитали более книжные формы вроде Неофитов, а Нефанины оставались в среде простых людей, где имя Неофит сократили до удобного для повседневной речи варианта.