Фамилия Нефантьев — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ев скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не связан с отрицанием («не фант»). Фамилия образована от разговорной формы крестильного имени Афанасий. В народной речи имя Афанасий, особенно в северных и центральных говорах, сокращалось до Афаня, Офаня, а далее — с утратой начального гласного — до Фаня. Появился и вариант Нефаня: с начальным «не» как в именах Нефёд (от Мефодий) или Нестер (от Нестор). Это фонетическое явление, когда «н» перетягивается от предлога или частицы к имени, либо просто результат небрежного произношения.

Таким образом, Нефантьев — это «сын Нефани», то есть потомок человека, которого в быту звали Нефаней, что восходит к Афанасию. Имя Афанасий в переводе с греческого означает «бессмертный», но в русской традиции оно стало одним из самых распространенных, породив десятки фамилий: Афанасьев, Фадеев, Фандеев, Офанькин и, конечно, Нефантьев.

Суффикс -ев в данном случае стандартный: он присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или «й» (в старой орфографии — Нефантьевъ). Фамилия фиксируется в основном в центральных и поволжских регионах, где имя Афанасий было особенно популярно. Встречается она реже, чем Афанасьев или Фадеев, что объясняется вторичностью формы Нефаня — она бытовала в узких локальных говорах.

Интересно, что в некоторых случаях основой могло стать и прозвище Нефаня, но его значение затемняется: в диалектах «нефаня» не зафиксировано как самостоятельное слово. Поэтому версия с производным от Афанасия — основная и наиболее обоснованная. Социальный статус первых носителей, скорее всего, крестьянский или мещанский: сложные и редкие варианты канонических имен чаще закреплялись в среде, далёкой от книжной культуры и официальной записи в метриках.