Фамилия Нефентьева — женская форма, а мужская, Нефентьев, образована от имени или прозвища Нефентий. На первый взгляд, основа напоминает каноническое имя Неофит (греч. «новообращённый»), но между ними нет прямой связи. В русской ономастике закрепилась форма Нефентий как народный, разговорный вариант имени Иоанн (Иван). Механизм такой: от Иван через уменьшительные формы (Ваня, Ванюта, Ванюха) пошла цепочка Неня, Нефня, Нефеня, а затем и Нефентий. Подобные трансформации — не редкость: от того же Ивана произошли фамилии Нефёдов, Нефедьев, Нефедов.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Нефентьев — буквально «сын Нефентия». Модель типична для русских фамилий, возникших из отчеств. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Ярославской губерниям, где народные формы церковных имён сохранялись дольше всего. Встречается она нечасто, что объяснимо: имя Нефентий никогда не было массовым, а оставалось локальным, диалектным вариантом.

Если копнуть глубже, в основе лежит не только имя, но и прозвище. Нефеней в некоторых говорах могли называть нелюдимого, угрюмого человека — от слова «нефенькаться» (капризничать, упрямиться). Эта версия менее вероятна, но не исключена: прозвище могло закрепиться за родоначальником, а потом осмысливаться как отчество. Однако большинство исследователей, включая Б. Унбегауна, сходятся на том, что фамилия имеет имяобразную природу.

Сословное происхождение у Нефентьевых разное. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются и среди крестьян (например, в переписях Вологодской губернии), и среди мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для отчеств от редких народных форм. По написанию фамилия стабильна: варианты Нефентьев/Нефентьева без чередования корня, в отличие от Нефёдов (где была ё). Это дополнительный аргумент в пользу того, что основа застыла именно как Нефентий, а не как Нефёд.

Таким образом, фамилия Нефентьева — окаменевшее отчество от разговорного варианта имени Иван, бытовавшего в северных русских говорах. Она не несёт загадочного смысла, но хранит живую историю народной речи, где Иван мог превратиться в Нефентия.