Фамилия Нефедьева восходит к церковному имени Мефодий (в переводе с греческого –«ищущий»). За основу же фамилии была взята просторечная форма этого имени – Нефедий. Согласно другой версии, фамилия образована от другого канонического имени Неофит (от древнегреческого слова neophytos – «новообращенный, недавний христианин»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нефедий, со временем получил фамилию Нефедьева.