Фамилия Нефедьев — один из тех случаев, когда за привычным звучанием скрывается сразу два возможных имени-первоисточника. Чаще всего её возводят к крестильному имени Мефодий, что в переводе с греческого означает «ищущий». Впрочем, в народной, просторечной среде это имя звучало иначе — как Нефедий. Именно эта «облегчённая» форма, лишённая начального «М», и легла в основу фамилии: потомка человека по имени Нефедий со временем стали записывать как Нефедьева.

Суффикс -ев здесь указывает на типичную модель отчества-притяжательности: он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Нефедия». Такая схема образования — самая распространённая для русских фамилий, закрепившихся в XV–XVII веках, когда прозвища и отчества начали превращаться в наследственные родовые именования.

Существует и вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на жизнь. Согласно ей, фамилия могла произойти от канонического имени Неофит — от древнегреческого neophytos, то есть «новообращённый, недавний христианин». В разговорной речи имя Неофит тоже нередко редуцировалось до более коротких форм, и Нефед — одно из возможных таких сокращений. Однако эта гипотеза выглядит менее убедительной: слишком далеко звучание «Неофит» отстоит от «Нефед», тогда как переход «Мефодий — Нефедий» объясняется естественной языковой экономией, когда непривычный звук «м» в начале слова просто отбрасывался.

Интересно, что фамилия сохранила именно ту форму, которая отражает живую народную традицию произношения, а не книжную церковную норму. Это делает её ценным свидетельством того, как в реальной речи XVII–XVIII веков обращались с греческими именами: их адаптировали, укорачивали, приспосабливали к привычной фонетике. Так что Нефедьевы — потомки человека, которого в быту звали коротко и по-свойски, а в метриках и документах могли записать полным церковным именем.