Фамилия Нефедьев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Нефедьев восходит к церковному имени Мефодий (в переводе с греческого –«ищущий»). За основу же фамилии была взята просторечная форма этого имени – Нефедий. Согласно другой версии, фамилия образована от другого канонического имени Неофит (от древнегреческого слова neophytos – «новообращенный, недавний христианин»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нефедий, со временем получил фамилию Нефедьев. О точном месте и времени возникновения фамилии Нефедьев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Нефедьев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.