Фамилия Нефедий — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище или имя, образованное от греческого «Нефтис» (египетская богиня). Однако гораздо вероятнее, что это искажённая форма канонического имени Нефед (от греческого «Неофитос» — новообращённый, новичок). В русских говорах «Нефед» нередко произносили как «Нефёд», а в некоторых диалектах — как «Нефид» или «Нефтий». Фамилия Нефедий могла возникнуть как патроним (отчество) от формы Нефед — через суффикс -ий, который в русской ономастике встречается редко и обычно указывает на притяжательность («чей?» — Нефедий, то есть сын Нефеда).

Суффикс -ий в фамилиях — архаичный, характерный для древнерусских прозвищ и имён, которые не успели перейти в стандартную модель на -ов/-ин. Встречается он в основном в северных и центральных регионах России, где сохранялись старые словообразовательные типы. Так что Нефедий — не просто фамилия, а прямое указание на родовое прозвище предка, которого звали Нефед (или Нефтий). Если бы фамилия образовалась стандартно, мы бы видели Нефедов или Нефедин.

Интересно, что в документах XVII–XVIII веков встречаются варианты Нефедьев, Нефедиев — это уже более поздние адаптации, когда к основе добавляли суффикс -ев. Нефедий — более короткая и редкая форма, почти не сохранившаяся в массовом бытовании. Возможно, носители этой фамилии — потомки крестьян или посадских людей из тех мест, где имя Нефед было популярно (например, в Архангельской или Вологодской губерниях). Однако точных данных о сословной принадлежности нет, и строить догадки без архивных записей рискованно.

В целом, фамилия Нефедий — ономастический раритет: она не только указывает на редкое имя, но и сохраняет древнюю модель образования, которая почти исчезла в XIX веке. Для этимолога это ценный пример того, как имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в виде фамилии, почти не изменившись.