Фамилия Нефед — редкий случай, когда фамилия совпадает с полной формой исходного имени, а не с его производной. В основе лежит каноническое имя Мефодий, которое в народной русской традиции претерпело сильное сокращение: отпал первый слог, и «Мефодий» превратился в «Нефед». Такое усечение — не редкость для разговорной речи Древней Руси: вспомните, как Авксентий становился Аксёном, а Евдоким — Докимом. Так что ваш предок по прямой мужской линии, скорее всего, носил имя Нефед, которое со временем закрепилось за его потомками без дополнительных суффиксов (как обычно бывает с -ов или -ин).

Интересно, что фамилия Нефед обошлась без типичного для русских фамилий суффикса принадлежности. Если бы фамилия образовалась стандартно, от отчества «Нефедов сын», мы бы имели Нефедова. Но здесь мы видим так называемую «усечённую» или «бессуффиксную» модель — когда прозвище или имя отца перешло к детям в неизменном виде. Такое встречается в южнорусских и украинских землях, а также в среде казачества, где ценилась краткость. Поэтому географически фамилия Нефед чаще встречается в южных областях России и на Украине, хотя отдельные носители разбросаны по всей стране.

Греческое имя Мефодий, от которого всё пошло, переводится как «методичный», «следующий порядку». Однако к значению фамилии это имеет косвенное отношение: она указывает не на характер человека, а на его имя. Носитель фамилии Нефед в XVI–XVII веках мог быть крестьянином, посадским человеком или казаком — фамилия не несёт сословной окраски. В документах XVII века, например, встречаются записи о «Нефеде Иванове сыне» из разных уездов, что подтверждает бытование имени.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком от более частых однокоренных вариантов — Нефедов, Нефёдов, Нефедьев. Если Нефедов однозначно читается как «сын Нефеда», то Нефед заставляет задуматься: то ли это фамилия, застывшая в именительном падеже, то ли прозвище, которое так и не обросло суффиксом. В ономастических справочниках Б. Унбегауна и В. Никонова такие фамилии описываются как редкие, но вполне закономерные для определённых регионов.

Однако есть и альтернативная, менее вероятная версия: что Нефед — это не от Мефодия, а от греческого имени Неофит (в просторечии Неофид). Но она слабее, потому что форма «Нефед» значительно ближе к народному сокращению именно от Мефодия, зафиксированному в многочисленных источниках. В любом случае, ваша фамилия — живой свидетель того, как русский язык укорачивал длинные греческие имена до удобного бытового звучания.