Фамилия Нефеденко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, самый распространённый в восточной и центральной Украине, буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». Изначально так называли детей по отцу: Нефеденко — «сын Нефеда».

Основа фамилии — каноническое мужское имя Нефед. Это народная, обиходная форма крестильного имени Мефодий (от греческого «методос» — следование, способ). В русской и украинской традиции начальное «Ме» в разговорной речи часто заменялось на «Не»: Мефодий превращался в Нефёда. Так что предок носителя фамилии Нефеденко был крещён как Мефодий, но в быту его звали Нефед (или Нефёд, с ударением на второй слог).

Интересная деталь: фамилия Нефеденко почти не встречается в северных и центральных областях России, где аналогом был бы Нефедов. Её география — это прежде всего юг и восток Украины (Запорожская, Днепропетровская, Харьковская области), а также Краснодарский край и Ростовская область в России, куда украинские фамилии попали с переселенцами.

В отличие от русских фамилий на -ов, которые закрепились в документах уже в XVI–XVII веках, украинские фамилии на -енко долго оставались полуофициальными прозвищами. Они фиксировались в реестрах казаков, метрических книгах и ревизских сказках в основном в XVIII–XIX веках. Поэтому Нефеденко — фамилия сравнительно поздняя по времени оформления, но с очень древним корнем, уходящим в православные святцы.

В написании фамилии встречается вариант Нефёденко (с буквой «ё»). Это не ошибка, а отражение реального произношения: в имени Нефёд ударение падает на второй слог, и в фамилии оно сохраняется. Вариант с «е» — результат упрощения на письме или влияния паспортной записи, где «ё» часто заменяли «е».