Фамилия Нефедовский говорит о том, что её основатель почти наверняка происходил из западнорусских или польских земель. Указывает на это суффикс -ский: в центральной и северной России фамилии чаще образовывали с помощью -ов/-ев или -ин, а -ский был характерен для шляхты и духовенства на территории современных Беларуси, Украины и Польши. По этой модели фамилию мог получить как мелкий помещик, владевший имением Нефедово, так и священник, которого записали по названию села или прихода.

В основе фамилии лежит просторечная форма канонического имени Мефодий. В русской народной среде имя Мефодий часто редуцировали до Нефёд — отбрасывали начальный слог и смягчали звучание. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Нефёд, причём не только в великорусских, но и в белорусских губерниях. Таким образом, Нефедовский — это не «сын Нефёда» (как было бы при суффиксе -ов), а скорее «выходец из местности, связанной с Нефёдом или Нефедовыми».

Интересно, что фамилия почти не встречается в старых московских боярских списках и реестрах казачьих войск. Это подтверждает её позднее формирование — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда униатские и православные священники западных губерний массово получали фамилии с окончанием -ский по названию своих приходов. Если же фамилия светская, то её носитель мог быть шляхтичем герба «Дружина» или «Лелива», но документальных подтверждений этому нет.

Сейчас Нефедовские встречаются редко, преимущественно в Смоленской, Брянской областях и на востоке Беларуси. Встречаются варианты написания с одной «с» — Нефедовски, но это уже результат упрощения при русификации фамилии в советских паспортных столах.