Фамилия Нефедовская — довольно редкий пример русской фамилии, образованной не от имени или прозвища напрямую, а от названия населенного пункта. В основе лежит топоним Нефедово, и самое вероятное объяснение происхождения рода — предки носителей этой фамилии жили в деревне с таким названием. Речь идет о деревне Нефедово в Серпуховском районе Московской области, что дает нам четкую географическую привязку: корни фамилии, скорее всего, следует искать именно в Подмосковье.

Модель образования здесь классическая для дворянских и просто сельских фамилий-«топонимиков»: к названию места добавили суффикс -ск-, указывающий на связь с местностью («из Нефедова»). Такая схема типична для фамилий, которые закреплялись за выходцами из конкретных сел и деревень, часто при переезде на новое место жительства, чтобы отличить человека по его малой родине.

Однако у фамилии есть и альтернативные, чисто «именные» версии происхождения, которые нельзя сбрасывать со счетов. По одной из них, в основе лежит просторечная форма канонического имени Мефодий — Нефед. Имя Мефодий (в переводе с греческого — «ищущий») было распространено на Руси, а его народные варианты вроде Нефед или Нефёд дали жизнь множеству фамилий (Нефедов, Нефедьев и т.д.). Суффикс -ск- в этом случае мог указывать на принадлежность роду, но для крестьянской среды такая форма менее типична, чем простое -ов.

Существует и третья гипотеза, более экзотическая: возведение основы к имени Неофит (от древнегреческого neophytos — «новообращенный, недавний христианин»). Эта версия выглядит менее убедительной, поскольку форма «Нефед» исторически закрепилась именно за Мефодием, а не за Неофитом, у которого были свои производные варианты. Поэтому, если выбирать между именными версиями, версия с Мефодием правдоподобнее.

Сословная принадлежность предков, судя по всему, не была высокой. Скорее всего, основатель рода Нефедовских был выходцем из крестьянской или рабочей среды. На это указывает и сам топонимический принцип образования (характерный для непривилегированных слоев), и отсутствие фамилии в известных дворянских родословных книгах. Фамилия закрепилась за потомками жителей деревни Нефедово, которые, вероятно, занимались земледелием или ремеслом, а позже, возможно, ушли на заработки в город, сохранив в фамилии память о родной земле.