Фамилия Нефантьева образована от имени Нефантий, которое является вариантом церковного имени Нифонтий. Имя Нифонтий (Нифонт) в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». Преподобный Нифонт, епископ Кипрский, родился в Пафлагонии, образование получил в Константинополе. В детстве он был кротким и добрым, часто посещал церковную службу. Однако в юности он стал вести греховную жизнь. Осознав свои грехи, Нифонт стал молить о прощении. Он полностью изменил свою жизнь, стал проводить время в молитве и покаянии. После болезни, от которой получил исцеление помощью Божией Матери, он принял иноческий постриг и усилил свои подвиги. Уже в старости его поставили в сан епископа города Констанции на Кипре. Фамилия Нефантьев встречается в различных исторических источниках. Так, в документах начала XX века упоминается Нефантьев Иван Евлампьевич (родился в 1910 году в с. Ваймуша Пинежского уезда).