Фамилия Нефанский — одна из тех, где на первый взгляд ясная основа при ближайшем рассмотрении ставит вопросы. Суффикс -ский указывает на географическое или топонимическое происхождение: такую фамилию обычно получали выходцы из определённого места, владельцы поместья или переселенцы. Центр тяжести — в корне «Нефан-», который не является ни распространённым славянским именем, ни очевидным названием ремесла.

Самая прямая версия — связь с рекой Нефань или населённым пунктом с похожим названием. На картах России и Украины встречаются гидронимы и топонимы с корнем «неф-»: например, река Нефань в бассейне Дона или урочища с таким именем. Если предки Нефанских жили на берегу такой реки или в селе Нефаново, фамилия закрепилась по модели «откуда родом» — как, скажем, Тверской от Твери или Вяземский от Вязьмы. Суффикс -ск- в сочетании с окончанием -ий типичен для дворянских и священнических фамилий, хотя носителями могли быть и крестьяне, переселившиеся из другого региона.

Менее очевидная, но возможная версия — от канонического имени Афанасий через его просторечную форму. В народе имя Афанасий сокращали до Фаня, Нефаня, Нефёд. Если исходное прозвище было Нефан (уменьшительное от Нефёд или Афанасий), то фамилия Нефанский могла образоваться по модели «чей?» с суффиксом -ск-: сын Нефана — Нефанский. Однако такой путь редок: обычно от имён на -а/-я делали фамилии на -ин (Нефанин) или -ов (Нефанов). Появление -ский здесь требует дополнительного объяснения — например, что предок был священником или получил фамилию в семинарии по месту рождения.

Семинарское происхождение — третий вероятный сценарий. В духовных училищах и семинариях будущим священникам часто давали «искусственные» фамилии с суффиксом -ский, образованные от названий церквей, сёл или даже от имён святых. Если село называлось Нефаново или Нефань, а церковь в нём была освящена в честь святого Афанасия (в народном произношении — Нефан), выпускник семинарии мог получить фамилию Нефанский. Такие фамилии нередко были «книжными» и не отражали прямого родового прозвища, а скорее указывали на место службы или учёбы.

С точки зрения географии, фамилия Нефанский встречается нечасто, но заметна в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины. Это косвенно подтверждает связь с донскими или курскими топонимами. В дворянских родословных книгах фамилия не числится среди столбовых, что склоняет к версии о позднем возникновении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, в среде духовенства или однодворцев.

Таким образом, наиболее обоснованным выглядит объяснение через топоним Нефань или Нефаново, возможно, с дополнительным влиянием имени Афанасий. Фамилия Нефанский — не про прозвище или профессию, а про место, откуда пошёл род, или про семинарскую «прописку».