Фамилия Нефортун — редкий и выразительный случай, когда прозвище строится на прямом отрицании. В основе лежит латинское слово fortuna (судьба, удача, счастливый случай), проникшее в русский язык через западноевропейские языки, скорее всего, через польский или украинский. Приставка не- превращает значение в противоположное: Нефортун — это человек, которому не везёт, неудачник. Вряд ли такое прозвище давали себе сами — скорее, это была ироничная или даже обидная характеристика, закрепившаяся за кем-то в крестьянской или мещанской среде.

Модель образования проста: основа (не- + фортун) и нулевой суффикс. Фамилии на чистую основу без типичных суффиксов -ов, -ин, -ский в русском языке встречаются нечасто и обычно указывают на украинское или белорусское происхождение, а также на позднюю фиксацию фамилии. В польском языке слово fortuna тоже бытовало, и форма Niefortun могла возникнуть естественно. Поэтому наиболее вероятно, что фамилия Нефортун имеет западнорусские или польские корни и закрепилась в документах не ранее XVIII века.

В официальных бумагах такую фамилию могли дать как «уличное» прозвище, которое затем перешло в наследственное имя. Других версий, связывающих фамилию, например, с топонимом или церковным именем, нет — корень слишком прозрачен и не допускает иного толкования. Интересно, что фамилия не подверглась русификации через суффикс (не стала Нефортуновым), а сохранила исходную форму, что подчёркивает её позднее и, возможно, местечковое происхождение.

Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями Фортунов, Фортунатов — они образованы от того же корня, но без отрицания и с типичными суффиксами. Нефортун стоит особняком: это не адаптированная, а «сырая» запись прозвища, которая говорит о характере или судьбе предка прямо и без прикрас.