Фамилия Нехоченинов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, образовано от глагола с отрицанием. В русских фамилиях нечасто встречается приставка не-, и почти всегда она указывает на характер или поведение человека, а не на отсутствие чего-то материального. Корень здесь — хоч- от глагола хотеть (древнерусское хотѣти). Прозвище Нехоченя давали человеку, который не проявлял желания, был вялым, упрямым или, наоборот, слишком разборчивым: «не хочу то, не хочу это». В говорах слово «нехочуха» до сих пор употребляется про капризного или ленивого ребёнка.

Суффикс -ен- в основе Нехочен- указывает на краткую форму страдательного причастия или прилагательного: «не хоченый» — то есть нежеланный, незваный, либо тот, кто сам ничего не хочет. Фамильный суффикс -инов — вариант более частого -ов, но с фонетическим переходом -ен-ов → -енинов. Такая модель встречается у фамилий от прозвищ на -еня: Нехоченя → Нехоченинов, как Баламутеня → Баламутенинов, Завиденя → Завиденинов. Это севернорусская или сибирская черта: в центральных областях чаще сказали бы Нехоченев или Нехоченков.

По географии фамилия редкая. Основные следы — в старых переписях Вятской губернии и среди крестьян-старообрядцев Приуралья. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского и у В. А. Никонова фамилия не зафиксирована, что подтверждает её локальный, недворянский характер. Носители — скорее всего, государственные или монастырские крестьяне, получившие прозвище за строптивый нрав или нежелание выполнять работу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Нехотяев, Нехотеев, Нехотин — показывает, что основа одна, а суффиксы разные. Нехотяев образован от глагольной формы «не хотя», Нехотин — от краткого прилагательного «нехотный». Нехоченинов стоит особняком: в нём слышится оттенок не столько действия, сколько свойства — «нехоченый» как постоянная характеристика, почти прозвищное имя. В быту такого человека могли дразнить Нехоченей, а потом и дети пошли по прозвищу отца.

Сословная принадлежность не вызывает сомнений: фамилия на -инов в этой форме не встречается у дворян или духовенства. Это стопроцентно крестьянская или посадская фамилия, закрепившаяся в документах не раньше второй половины XVII века, когда прозвища начали массово переходить в наследственные фамилии.