Фамилия Нехочин — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не имя или профессия, а отрицание. Разбирать её стоит с суффикса: -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Нехочин — потомок человека по прозвищу Нехоча. Второй элемент, -ча, — типичный для русских прозвищ суффикс субъективной оценки, часто с оттенком пренебрежения или иронии. Получается, что прозвище образовано от глагола «хотеть» с отрицательной частицей «не»: Нехоча — тот, кто не хочет, не желает.

Прямое значение прозвища — «нехотящий», «ленивый», «неохотный до работы». В русских говорах слово «нехоть» фиксировалось именно в значении «нежелание», «лень». Вряд ли такое прозвище давали за действительное усердие — скорее, оно закреплялось за человеком медлительным, вялым или просто не склонным к тому, что от него требовали. Впрочем, в крестьянской среде прозвища часто бывали «от противного»: ленивого могли назвать Работягой, а нерасторопного — Быстрым. Но здесь, судя по корню, иронии меньше: Нехоча — это прямая характеристика, данная «по делу», без намёка на противоположное качество.

География фамилии узкая. Нехочины встречаются почти исключительно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ивановской областях. Это зона бытования старых русских фамилий на -ин, образованных от прозвищ, а не от канонических имён. В южных или сибирских регионах фамилия практически не зафиксирована, что указывает на локальное происхождение: скорее всего, родоначальник жил в одном из уездов Заволжья.

Морфологически фамилия стоит в ряду с такими же «отрицательными» образованиями: Нежданов (от Неждан — нежданный), Некрасов (от Некрас — некрасивый), Неустроев (от Неустрой — беспокойный). Все они — примеры так называемых «обережных» или описательных прозвищ, но в случае с Нехочиным «обережная» функция сомнительна: вряд ли родители называли ребёнка Нехочей, чтобы уберечь его от лени. Скорее, прозвище закрепилось за взрослым человеком.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в форме Нехо́чин с ударением на второй слог, что подтверждает происхождение от «нехо́ча» (а не от «не́хотя»). Вариант с ударением на первый слог — ошибка, возникшая при устной передаче. Других написаний (Нехачин, Нехочинов) в исторических документах не зафиксировано, что говорит об устойчивости формы.

Фамилия не принадлежала дворянству или купечеству — её носители числились среди государственных крестьян и мещан. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что типично для прозвищной фамилии, не попавшей в высшие сословия.