Фамилия Нехожин — редкий случай, когда смысл лежит почти на поверхности, но не в том значении, которое первым приходит на ум. Вопреки возможной догадке, она вряд ли связана с тем, что предок «не ходил», то есть был ленив или немощен. Скорее всего, в основе лежит древнерусское слово «нехожь» — так в некоторых говорах называли нелюдимого, замкнутого человека, того, кто «не ходит» в люди, сторонится общества, избегает сходок и посиделок. Прозвище Нехожа или Нехожий давали либо домоседу, либо человеку с тяжелым, необщительным нравом.

По фамильной модели это типичная русская фамилия на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нехожин — сын Нехожи. Такие фамилии обычно образовывались от основ на -а, -я, а также от прилагательных в краткой форме. Здесь исходное прозвище Нехожа (существительное) или Нехож (краткая форма от «нехожий») дало форму Нехожин. Встречается также вариант Нехожев, но он значительно реже и, скорее всего, возник в другом регионе.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Вятской, Костромской и Вологодской губерниях. Там слово «нехожь» было в ходу. Примечательно, что в тех же местах бытовала фамилия Нехорошев — с похожей смысловой окраской: нелюдимого человека могли назвать и «нехожим», и «нехорошим» (в значении «нелюдимый, угрюмый»).

Однокоренные фамилии — Неходов, Неходячий, Нехожев — все они построены вокруг одного корня и несут ту же характеристику поведения. Но Нехожин стоит особняком: в ней не просто отрицание действия («не ходить»), а устойчивое прозвищное имя, закрепившееся в документах. Это значит, что в родословной первого носителя прозвище было настолько точным, что заменило собой крестильное имя.

Среди известных носителей фамилия не получила широкой известности, но в архивных записях можно найти упоминания о крестьянах Нехожиных, живших в глухих деревнях Заволжья. Возможно, их предки были староверами: общины старообрядцев часто селились обособленно, и прозвище «нехожь» могло отражать не столько характер, сколько образ жизни — человека, живущего «не в миру», отдельно от основной церковной общины.