Фамилия Нехожина — женская форма фамилии Нехожин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит глагол «ходить» с отрицательной частицей «не». Слово «нехожь» в древнерусских говорах могло означать непроходимое, глухое место, чащу или болото. Человек, получивший прозвище Нехожа, вероятно, жил в такой глуши, в отдалении от людей, или, напротив, был нелюдимым, замкнутым, «нехоженым» — то есть избегавшим общества.

Модель образования фамилии — типичная для русского Северо-Запада и Поволжья. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Нехожин, то есть сын или потомок Нехожи. Такие фамилии чаще встречались в крестьянской среде, особенно в новгородских и вятских землях, где прозвища, образованные от глаголов с отрицанием, были распространены (сравните: Нелюбин, Несмеянов, Неупокоев).

Встречается и менее вероятная, но возможная версия: происхождение от имени Нехож — варианта канонического имени Неофит (в народной переделке). Однако для фамилии Нехожин связь с прозвищем по месту жительства или характеру выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. По переписям XIX века носители Нехожины фиксировались в Вятской и Костромской губерниях. В современной России её можно встретить в тех же регионах, а также в Москве и Санкт-Петербурге, куда потомки переселились в XX веке. Родственных фамилий, образованных от того же корня, практически нет — это делает Нехожиных уникальным ономастическим случаем.