Основой фамилии Небожина послужило мирское имя Небожа. Мирское имя Небожа восходит к аналогичному нарицательному. В старину слово «небожа» употреблялось как ласковое обращение старшего к младшему или же как обращение к племяннику или племяннице. В старину подобные имена, отражающие отношение родителей к своим детям, не были редкостью: так, долгожданного ребёнка часто называли Ждан, любимого, милого сердцу — Любим, Миляй, того, кто родился неожиданно для родителей, то есть «нечаянно», - Нечай. К подобным именам, очевидно, относится и имя Небожа. Менее вероятно, что в основе фамилии Небожина лежит не имя, а прозвище, которое этимологически связано со словом «небожно», то есть «без божбы, не божась». Соответственно, Небожей могли прозвать нерелигиозного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Небожа, со временем получил фамилию Небожина.