Фамилия Небоженко образована от старинного мирского имени Небожа — так в русских говорах ласково называли младшего по возрасту родственника, чаще всего племянника или племянницу. В основе лежит нарицательное «небожа», которое в прошлом звучало как теплое обращение старшего к младшему. Подобные имена, отражающие отношение родителей к детям, в старину встречались часто: долгожданного ребенка называли Ждан, любимого — Любим или Миляй, а родившегося неожиданно, «нечаянно», — Нечай. В этот же ряд встает и Небожа: имя скорее не прозвище, а знак родительской нежности и заботы.

Менее вероятно, что в основе фамилии лежит прозвище, этимологически связанное со словом «небожно», то есть «без божбы, не божась». В этом случае Небожей могли прозвать человека нерелигиозного, не клянущегося именем Бога. Однако эта версия выглядит надуманной: слишком уж распространено было ласковое значение слова, и слишком естественно звучит имя для ребенка, а не для взрослого. Поэтому основная гипотеза — именно мирское имя, а не насмешливое прозвище.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии: в такой форме она означает «сын Небожи» или «потомок Небожи». Подобная модель образования фамилий была типична для Левобережной Украины и южнорусских земель, где фамилии на -енко массово закреплялись в XVII–XVIII веках. Таким образом, родоначальник Небоженко жил, скорее всего, в украинской или пограничной русско-украинской среде, а его потомки со временем разошлись по разным регионам.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную основу, которая в живом языке почти исчезла. Сегодня слово «небожа» можно встретить разве что в диалектных словарях или в старой литературе, но фамилия Небоженко продолжает нести память о том ласковом обращении, каким когда-то называли младших в семье.