Фамилия Небоженкон — редкий случай, когда суффикс «-енко» соединяется с основой, имеющей яркую народно-религиозную окраску. Сразу заметим: в русской ономастике фамилии на «-енко» типичны для украинского происхождения, и Небоженкон здесь не исключение. Основа «Небоженк-» восходит к слову «небоженко» или «небоженя» — уменьшительно-ласкательной форме от «небога» (в южнорусских и украинских говорах — «бедняк», «сирота», «убогий человек»). В старину так могли назвать ребенка, оставшегося без родителей, или просто бедного родственника, которого приютили. Суффикс «-он» в данном случае — нестандартное наращение, встречающееся в вторичных формах: иногда фамилии на «-енко» получали дополнительный элемент «-он» при адаптации в русской среде или при паспортной записи. В итоге Небоженкон — это «сын (потомок) Небоженка», то есть человека, которого в округе прозвали «небоженко» за его бедственное положение или сиротство.

Интересно, что в отличие от более распространённых фамилий вроде Небоженко (без «н» на конце), форма с «-н» встречается гораздо реже. Это может указывать на конкретный регион бытования: возможно, фамилия закрепилась на границе украинских и русских земель, где при записи фамилий добавляли окончание, характерное для русских фамилий (ср. Небоженко → Небоженков, но здесь — через «-он»). Другая версия, менее вероятная, связывает основу с церковнославянским «небожьство» — «нечестие», но для прозвища это слишком книжный вариант, вряд ли прижившийся в крестьянской среде.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или казакам. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто встречаются среди реестров малороссийских полков или в метрических книгах сёл Полтавщины и Черниговщины. Небоженкон — не дворянская фамилия, её не найдёшь в родословных книгах, но в этом и её ценность: она прямо говорит о социальном положении предка, которого так и запомнили — «небоженко», бедняк или сирота. Если искать однокоренные варианты, то это Небоженко, Небоженков, реже Небожин — все они от одного корня, но с разными суффиксами, указывающими на место и способ образования.