Фамилия Нехоткина — женская форма фамилии Нехоткин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который образован по очень распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я, с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Нехоткин буквально значит «чей?» — «сын Нехотки» или «человек из рода Нехотки».

Основа здесь — Нехотка. Это имя или прозвище, которое, скорее всего, произошло от глагола «хотеть» с отрицательной частицей «не». В древнерусском языке слово «нехотя» означало «не желая», «против воли». Прозвище Нехотка могли дать человеку, который был неохотным до работы, делал всё с ленцой или по принуждению. Впрочем, не исключён и другой вариант: в старину существовали охранительные имена-обереги, которые давали, чтобы отвести от ребёнка зло. Назвав сына Нехоткой (то есть «нежеланным»), родители могли надеяться, что злые духи не позарятся на него, посчитав ненужным. В этом случае имя не отражало реального отношения к ребёнку, а было магической защитой.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин характерна для центральных и северных регионов России. Фамилия Нехоткина встречается в документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах по Вологодскому и Костромскому уездам, что подтверждает её севернорусские корни. Интересно, что фамилия эта довольно редкая: она не вошла в массовые списки дворянских или купеческих родов, а осталась в крестьянской и мещанской среде. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от имён на твёрдый согласный, фамилии на -ин всегда указывают на основу, заканчивающуюся на -а или -я, что делает Нехоткина хорошим примером «матронимической» или «прозвищной» модели, где суффикс привязан к конкретному личному имени предка.

Таким образом, носительница фамилии Нехоткина может считать своим предком человека по прозвищу Нехотка — вероятно, неспешного, нерасторопного или, наоборот, того, кого в семье нарекли таким именем в качестве оберега от сглаза.