Фамилия Некифор — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она кажется производной от имени Никифор (греч. «несущий победу»), но буква «е» в первом слоге указывает на другой источник. Скорее всего, перед нами народная, диалектная форма крестильного имени Неофит (от греч. «новообращённый»). В русских говорах имя Неофит нередко упрощалось до Некифора или Некифора — через замену трудного сочетания «ео» на более привычное «еки». Так же, как Фёдор превращался в Хведор, а Иоанн — в Иван.

Суффикс в фамилии нулевой — это так называемая «усечённая» форма, когда фамилия совпадает с самим именем или прозвищем. Такие фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции (вспомните Шевченко, Короленко или просто Богдан). В случае Некифор фамилия застыла в именительном падеже без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Это значит, что предок носителя, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины или юга России, где такая модель была распространена.

Географически фамилия редкая, но встречается в реестрах казачьих войск и среди крестьян Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. В документах XVIII–XIX веков можно найти запись «Некифор» как фамилию без изменений — например, казак Некифор из Полтавского полка. Это подтверждает, что основа не от «Никифор», а от «Неофит»: в метрических книгах иногда писали «Неофит (он же Некифор)».

Кто мог быть предком? Скорее всего, человек по имени Неофит, которого в быту звали Некифором. Прозвище могло закрепиться за его потомками без изменений. Другая, менее вероятная версия — что это не имя, а прозвище, данное за необычное поведение или внешность, но в отсутствие дополнительных контекстов (например, прозвище «некифор» в значении «неуклюжий» не фиксируется) версия с именем остаётся основной.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Некифор — редкий случай, когда имя-основа не подверглось стандартной русификации. Это делает фамилию маркером региональной и социальной принадлежности: её носители, вероятно, происходят из малороссийской среды, где усечённые фамилии были нормой.