Фамилия Нековырина — женская форма фамилии Нековырин, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Словообразовательная модель здесь простая, но основа неочевидна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Нековырин — это сын или потомок человека по прозвищу Нековыра. В русских фамилиях на -ин (в отличие от -ов) часто закрепляются прозвища, оканчивавшиеся на -а/-я, а также имена и профессии.

Ключ к пониманию — слово «ковырять». В диалектах и просторечии «ковыра» означала человека, который копается, медлителен, делает что-то неспешно или неумело. Приставка не- в прозвищах часто работала как усилитель или, наоборот, как отрицание: «нековыра» — тот, кто не ковыряется, то есть работает быстро и ловко. Однако в ономастике есть и другая версия: прозвище могло быть ироничным, «обратным» — медлительного человека назвали «нековырой» с оттенком насмешки. Такой приём (называние по противоположному качеству) встречается в русских фамилиях, например, Некрасов (от «краса» — некрасивый, но прозвище могли дать как раз красивому).

Географически фамилия Нековырин редкая. Основной массив носителей — в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это зона бытования фамилий на -ин, где прозвищные формы на -ыра встречаются чаще, чем на юге. Встречаются варианты написания Нековыров (с суффиксом -ов), но это уже другая словообразовательная модель — от той же основы, но с другим падежным значением.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище Нековыра могло закрепиться и за крестьянином, и за ремесленником. В писцовых книгах XVII века на Русском Севере фиксируются прозвища с корнем «ковыр-» (Ковырин, Ковырев), что подтверждает живую народную основу. Фамилия Нековырина, таким образом, несёт в себе отпечаток деревенского быта, где меткое прозвище давалось по характеру или повадке человека.