Фамилия Никовырин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов или -ев, а окончание -ин указывает на принадлежность к роду человека, в основе прозвища которого лежало слово, оканчивающееся на -а или -я. Но здесь мы видим нечто иное: Никовырин явно образован от более сложной основы, чем простое имя или прозвище.

Скорее всего, фамилия восходит к прозвищу Никовыра. Как оно возникло? Первая часть — «Нико» — может быть усечённой формой канонического имени Николай (в просторечии Ника, Никоха) или, что менее вероятно, Никита. Вторая часть — «выра» — в русских говорах имела несколько значений: так называли ямку, выемку, нору, а также человека, который любит копаться, рыться, выискивать что-то. Таким образом, Никовыра — прозвище человека с характером: либо того, кто постоянно «вырывает», добывает что-то, либо обладателя какой-то внешней приметы (например, ямочки на подбородке или щеке). Фамилия Никовырин, соответственно, означает «потомок Никовыры».

Есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых говорах слово «вырять» означало «нырять», «погружаться в воду». Никовыра могло быть прозвищем рыбака или водолаза, который, по аналогии с именем, получил шутливое прозвище «Нико-ныряла». Однако первая версия, связанная со значением «выемка» или «копатель», кажется более естественной для фамильного прозвища.

Фамилия Никовырин практически не встречается за пределами центральных и северных областей России, где были распространены говоры со словом «выра». Это — не дворянская и не купеческая фамилия; её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или ремесленной среды. В современных списках она остаётся крайне редкой, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: каждый Никовырин, скорее всего, имеет общих предков в относительно недавнем прошлом.