Фамилия Неко — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не имеет типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский) и не заканчивается на -ой. Это заставляет искать объяснение за пределами стандартной модели образования от крестильного имени или прозвища с патронимическим суффиксом.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с украинским или белорусским прозвищем. В украинском языке слово «неко» (в диалектах «нэко») может означать «немой» или «тот, кто не говорит». Соответственно, прозвище Немо (или Неко) давали молчаливому, неразговорчивому человеку. В пользу этой гипотезы говорит то, что в украинской и белорусской традиции фамилии без суффиксов встречаются чаще, чем в великорусской: достаточно вспомнить фамилии Шевченко, Мазепа или Гмыря. Фамилия Неко могла закрепиться в форме чистого прозвища, без добавления -ов/-ев, что характерно для юго-западных земель.

Вторая, менее вероятная версия — фамилия могла возникнуть из редкого календарного имени. В святцах есть имя Нектарий (греч. «нектаровый»), в народной речи его могли сокращать до Неки, Неко. Однако эта гипотеза слаба: от Нектария обычно образовывали фамилии Нектарьев или Нектаров, а форма Неко для русского уха звучит как иноязычное заимствование.

Третий вариант, который стоит упомянуть, — фамилия может быть искусственной, семинарской. В духовных училищах ученикам иногда давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов. Латинское «nec» (не) или греческое «νεκρός» (мёртвый) могли лечь в основу, но это скорее экзотика, чем реальная практика. Маловероятно, что семинаристу дали бы фамилию со значением «не» или «мёртвый» — обычно выбирали более благозвучные варианты.

Географически фамилия Неко встречается в основном на Украине, в Беларуси и в южных областях России, что подтверждает первую версию. В центральных и северных регионах России она крайне редка. Таким образом, с большой долей уверенности можно сказать: предок человека с фамилией Неко получил прозвище за молчаливость, а сама фамилия сформировалась без типичного русского суффикса, что указывает на её украинские или белорусские корни.