Фамилия Немойкина — женская форма, а мужская, Немойкин, образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Немойкин», то есть сын или потомок Немойки. Основа здесь — не имя, а прозвище Немойка.

Прозвище Немойка — это уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма от прилагательного «немой». В русских говорах «немой» означало не только человека, лишённого дара речи, но и того, кто говорит невнятно, картавит, заикается или просто молчуна. В некоторых регионах «немым» называли даже чужеземца, не знающего местного языка. Поэтому предок, получивший такое прозвище, вовсе не обязательно был глухонемым: он мог быть неразговорчивым, косноязычным или пришлым.

Суффикс -к- в основе (Немойка) характерен для прозвищ, которые давали в быту. Такие формы часто переходили в фамилии, особенно в северных и центральных губерниях России. Фамилия Немойкина нередко встречается в документах XVII–XVIII веков, например, среди крестьян и посадских людей. Встречаются и однокоренные фамилии — Немой, Немов, Немцов, но Немойкина выделяется именно уменьшительным суффиксом, который придаёт ей более личный, «домашний» оттенок.

Версия о связи с рекой или топонимом маловероятна: географических названий «Немойка» в русском ономастиконе практически нет. Также не стоит путать фамилию с украинскими или белорусскими аналогами на -енко: Немойкина — типично русская по форме и суффиксу.

Таким образом, носительница фамилии Немойкина может быть уверена: её предок был человеком с прозвищем Немойка, жившим, скорее всего, в центральной или северной России, и фамилия закрепилась за его потомками не позже XVIII века.