Фамилия Немойкины образована от прозвища или личного имени Немойка. В основе лежит прилагательное «немой». В старину это слово имело более широкий спектр значений, чем сейчас: так могли назвать не только человека, лишённого дара речи, но и того, кто не говорит на понятном окружающим языке (например, чужеземца), а также молчаливого, неразговорчивого человека. Суффикс -к- в основе придавал прозвищу уменьшительно-ласкательный или, чаще, обиходно-бытовой оттенок: Немойка — буквально «тот, кто нем». От этого имени через притяжательный суффикс -ин и возникла фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — сын Немойки, потомок Немойкиных.

Такая модель образования — от прозвища с суффиксом -ка через -ин — одна из самых распространённых в русской ономастике. Она характерна для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге и западе. Подобные именования широко представлены и у других славянских народов, что делает фамилию Немойкин частью общеславянского культурного пласта. У западных и южных славян можно встретить параллельные формы с теми же корнями и схожей семантикой.

Стоит рассмотреть и альтернативную версию. В некоторых говорах «немой» могло означать «тихий, смирный», а в иных контекстах — «неумелый» или «неспособный к какому-либо делу». Однако наиболее вероятным остаётся прямое значение, связанное с физическим недостатком или манерой общения. Прозвища, даваемые по физическим особенностям или поведению, были крайне распространены в крестьянской среде XV–XVII веков, когда фамилии только начинали закрепляться за отдельными родами.

Фамилия Немойкин — самобытный памятник славянской культуры. Как и многие другие русские фамилии, она прошла долгий путь: от обиходного прозвища в разговорной речи до официального родового именования, закреплённого в документах. Процесс этот был длительным и не всегда имел привязку к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте возникновения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических изысканий. Тем не менее уже сейчас ясно: каждый Немойкин носит в своей фамилии память о предке, которого окружающие когда-то прозвали Немойкой, и через это прозвище — частицу живой народной речи, сохранившейся сквозь века.