Фамилия Немочкин — яркий пример того, как прозвище, данное по родству или свойству, закрепилось в официальном именовании. В её основе лежит слово «немка» или «немец» в диалектном, бытовом значении. Однако сразу стоит оговориться: «немец» в русских говорах XVI–XVII веков не всегда означало подданного германских земель. Так называли любого чужеземца, человека, говорящего непонятно, «немо». Но в случае с фамилией Немочкин скорее всего имеется в виду конкретное родство: «Немка» — это прозвище или обиходное имя женщины, которую считали «немкой» (либо по происхождению, либо по манере речи). Её сына или внука в деревне называли «Немочка», то есть «сын Немки». А уже от этой уменьшительной формы с помощью суффикса -ин (в просторечии перешедшего в -кин) и образовалась фамилия: Немочка + ин → Немочкин.

Модель образования здесь нестандартна. Суффикс -кин (фонетический вариант -ин) обычно присоединяется к основе на -а/-я: «сын Немки» — Немкин. Но в фамилии Немочкин мы видим усечение: основа «Немк-» перешла в «Немочк-» через суффикс субъективной оценки -очк-. Это характерно для прозвищных фамилий, где исходное имя давалось не напрямую, а через ласкательное обращение. То есть предка звали не просто «Немка», а скорее «Немочка» (мать или бабка), и потомки пошли уже от этого ласкового варианта.

По географии фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где были сильны традиции прозвищ по материнской линии. В словаре Б. Унбегауна фамилия не выделена отдельно, но её логично отнести к группе «матронимических» фамилий — тех, что образованы от женского прозвища или имени. Такие фамилии редки, потому что в патриархальной среде детей чаще называли по отцу. Немочкин — одно из исключений, указывающее на то, что в роду женщина по каким-то причинам играла заметную роль или её происхождение было настолько приметным, что закрепилось за потомками.

Спорных версий у фамилии две. Первая — связь с прозвищем «Немочка» от слова «немочь» (болезнь, слабость). Эта гипотеза слабая: фамилии от болезней в русской традиции крайне редки и обычно имеют другую суффиксацию (например, Немощный). Вторая — происхождение от канонического имени Нестор (в просторечии Нестер, Нестёр), где «Немочкин» могло возникнуть через искажение. Но для этого нет фонетических оснований: переход «ст» в «м» в русских говорах не зафиксирован. Поэтому версия с «немкой» остаётся основной и наиболее логичной.