Фамилия Немойтин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка описывало черту характера или физический недостаток, а не профессию или место жительства. Корень здесь прозрачен: «немой» — лишённый дара речи. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Немойтин — сын Немого, то есть человек из рода того, кого прозвали Немой.

Почему могли дать такое прозвище? В крестьянской среде оно редко бывало случайным. Чаще всего его получал человек, который действительно не говорил — от рождения или после болезни. Но был и второй, менее очевидный вариант: «немым» на Руси нередко называли молчаливого, неразговорчивого, угрюмого мужика. В условиях деревенской общины, где общение и сплетни были частью быта, стойкое молчание бросалось в глаза и легко превращалось в уличное прозвище, а затем — в фамилию.

По словообразовательной модели фамилия типична для северных и центральных областей России, где был распространён суффикс -ин. В южных и западных регионах скорее появился бы вариант Немойтов или Немойтенко. Интересно, что фамилия Немойтин встречается реже, чем однокоренные Немов, Немой или Немытов — это говорит о том, что прозвище «Немой» само по себе было не таким уж частым, а его производная форма с суффиксом -ин закрепилась только в отдельных родах.

В некоторых говорах слово «немой» имело ещё одно значение — «не умеющий говорить на чужом языке», «иностранец». Однако для фамилии Немойтин эта версия маловероятна: в русской ономастике прозвища по национальной принадлежности обычно образовывались иначе (Татаринов, Немчин, Литвинов). Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо действительно нем от рождения, либо слыл в окружении человеком настолько немногословным, что это стало его главной приметой.