Фамилия Немушкина — женская форма, а её мужской вариант Немушкин. Оба они происходят от прозвища или нецерковного имени Немушка. Основа здесь — корень «нем-», который в древнерусском языке имел два основных значения: «немой, лишённый дара речи» и «иностранец, чужеземец» (от «немцы» — так называли всех, кто говорил непонятно, «немо»). Таким образом, Немушкой могли прозвать человека, который не говорил, шепелявил или плохо владел речью, либо же пришлого из другой земли.

Суффикс «-ушк-» в имени Немушка — уменьшительно-ласкательный (как в словах «головушка», «дедушка»). Такая форма указывает, что прозвище было скорее бытовым, семейным, а не официальным. В XV–XVII веках на Руси нередко давали имена-прозвища в уменьшительной форме: Немушка, Молчушка, Глушко. От них потом образовывались фамилии по патронимической модели: Немушкин — «чей?» — сын Немушки.

Важно, что фамилия Немушкин — редкая по сравнению с однокоренными Немов, Немой или Немцев. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы — возможно, из северных или центральных губерний, где уменьшительные формы прозвищ сохранялись дольше. В документах XVII века встречаются крестьяне с именем Немушка в вотчинах Новгородской и Костромской земель, что подтверждает бытовой, недворянский характер фамилии.

Не стоит путать Немушкина с фамилиями на «-ушкин», образованными от женских имён (например, Марфушкин). Здесь основа мужского рода: Немушка — это имя или прозвище мужчины. И хотя сегодня фамилия звучит почти как сказочная, её корни — в реальном прозвище, которое когда-то дали конкретному человеку за особенность речи или происхождения.