Фамилия Ненишина — женская форма от Ненишин, и её разговорный вариант Ненишин наводит на мысль о диалектном произношении. В основе, скорее всего, лежит неканоническое имя или прозвище Неня, Неняша. В русских говорах «неня» — это ласковое обращение к матери или няне, то же, что «няня» с характерным северным «еканьем». В олонецких и архангельских диалектах так называли старшую сестру или кормилицу. Человек, которого в семье или в деревне прозвали Неней, мог быть заботливым, домовитым, либо просто младшие так обращались к старшей родственнице, и прозвище закрепилось.

Суффикс -ин указывает на типичную модель «чей?»: Ненишин — сын Нени, потомок того, кого звали Неней. Мужская форма Ненишин, а женская Ненишина — это не переделка, а грамматическая норма. Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, но без высокой концентрации. В дореволюционных метрических книгах можно найти единичные записи по Вологодской и Вятской губерниям — именно там «неня» как слово было в ходу.

Есть и менее вероятная версия: от имени Ненаш, которое могло быть охранительным именем — «не наш», то есть чужой, чтобы обмануть злых духов. Но тогда фамилия писалась бы Ненашин, а не Ненишин. Разница в гласной (е против а) говорит в пользу диалектного происхождения от «неня».

Если ваши предки носили фамилию Ненишина, скорее всего, они происходили из крестьянской или мещанской среды Русского Севера, где слово «неня» было в обиходе. Фамилия не дворянская и не искусственная — она выросла из живого прозвища, которое дали реальному человеку.