Фамилия Неопифанов — редкий случай, когда основа читается почти как иностранное имя, но на деле это чисто русское образование, скроенное по греческим лекалам. В основе лежит каноническое мужское имя Пифан, которое в святцах встречается в форме Пифаний. Это имя греческого происхождения, восходящее к слову «пифанон» — «убеждение» или «убедительный». В православной традиции известен мученик Пифаний, пострадавший за веру в IV веке, и именно от его имени пошли русские фамилии Пифанов, Пифановский.

Приставка Нео- в фамилии Неопифанов — самое интересное. В русской ономастике она почти не встречается в исконных фамилиях, а если и попадается, то, как правило, в фамилиях духовного сословия, которые давали семинаристам. Семинарские фамилии часто образовывали искусственно, переделывая церковные имена на греческий лад, добавляя к ним частицы «нео-» (новый) или «апо-» (от). Так возникали фамилии вроде Неокесарийский, Неофитов, Неопалимов. Неопифанов, скорее всего, означает «новый Пифан» — то есть фамилия могла быть дана ученику духовного училища либо в честь какого-то почитаемого святого, либо как знак обновления, нового этапа в жизни.

Вероятность того, что фамилия возникла в крестьянской среде, невелика — слишком книжная основа. Скорее всего, предки носителей фамилии были выходцами из духовного сословия: священниками, дьячками или пономарями. Встречается фамилия крайне редко, в основном в центральных губерниях России, где были сильны семинарские традиции. В дореволюционных метрических книгах можно найти единичные записи, например, в Рязанской или Тамбовской губерниях.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть «сын Неопифана». Однако само имя Неопифан в реальной жизни не использовалось — это искусственная конструкция, созданная в стенах учебного заведения. Поэтому фамилия Неопифанов — не столько отчество, сколько памятник церковно-ученической культуре XVIII–XIX веков, когда из греческих корней и русских суффиксов лепили новые фамилии, подчеркивая образованность и оторванность от мирской жизни.