Фамилия Непчатых — одна из тех, что сразу выдают географию своего происхождения. Окончание -ых (в орфографическом варианте -их) — верный признак севернорусских и некоторых сибирских фамилий. Такая модель образования типична для Вологодской, Архангельской, Вятской губерний и территорий, куда переселенцы унесли этот говор. Фамилия застыла в форме родительного падежа множественного числа: «из дома Непчатых» — то есть из семьи Непчатого.

Корень фамилии — «непчатый» или «непчат». Точного слова с таким значением в современном русском литературном языке нет, но ономасты видят здесь диалектное или искажённое прозвище. Вероятнее всего, основа восходит к глаголу «печь» или прилагательному «печатый» (относящийся к печати, клейму). Приставка не- могла иметь значение отрицания или, что встречается чаще в прозвищах, усилительно-иронический оттенок. Таким образом, «Непчатый» — человек, которого в шутку или всерьёз называли «непечатным», то есть не поддающимся описанию, грубым на язык, или же, наоборот, тем, кто не ставит печати, не скрепляет документы. Вторая версия менее вероятна, но не исключена: «непчатый» как вариант слова «непотчатый» (нетронутый, целый) — прозвище бережливого или жадного хозяина.

Встречается фамилия Непчатых крайне редко. По имеющимся отрывочным данным, её носители исторически концентрировались на юге Вологодской области и в Кировской области (бывшая Вятская губерния). В писцовых книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков эта фамилия не зафиксирована в боярских или дворянских списках, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предок получил прозвище Непчатый в сельской общине за характерную черту — несдержанность в выражениях или, напротив, за необычную бережливость. Фамилия сохранила архаичную грамматику, которая в центральных говорах давно вытеснена формами на -ов/-ев и -ин.