Фамилия Непипенко звучит на украинский лад, и это не случайно: суффикс -енко — один из самых распространенных в украинской ономастике. Он указывает на происхождение от отца или предка по имени или прозвищу, буквально означая «сын» или «потомок». В данном случае основа фамилии — Непип — и есть то самое прозвище, от которого пошли Непипенко.

Что же такое «Непип»? Скорее всего, это сложное слово, образованное от глагола «пити» (пить) с отрицательной частицей «не». В буквальном смысле — «не пей», то есть прозвище человека, который либо не пил алкоголя, либо, напротив, получил ироничное имя за чрезмерное пристрастие к спиртному. В народной традиции такие прозвища-обереги или прозвища-насмешки давали нередко: Непейвода, Непейпиво и тому подобные. Непипенко — вариант того же ряда, но с украинским окончанием.

Можно предположить и другую версию: в некоторых говорах «непип» могло быть не прозвищем, а личным именем-оберегом. В древности родители давали ребенку имя с отрицанием, чтобы обмануть злых духов: мол, «не пей» — значит, не будет пьяницей, или «не живи» — чтобы жил долго. Однако для фамилии Непипенко эта версия менее вероятна, так как подобные имена в украинской традиции редки.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда украинские переселенцы принесли свои фамилии в XVIII–XIX веках. Встречается она нечасто, что делает её носителей носителями довольно редкого и выразительного прозвищного наследия. Сословно предки Непипенко, скорее всего, были казаками или крестьянами — именно в этих средах и бытовали такие «говорящие» фамилии, образованные от бытовых черт или привычек человека.