Фамилия Неркина — женская форма, а её мужской вариант — Неркин. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин, остаётся основа Нерк-. Здесь мы сталкиваемся с редким случаем: корень не имеет очевидных параллелей в современных русских нарицательных словах. Это сразу указывает на то, что прозвище Нерка, от которого пошла фамилия, было либо диалектным, либо заимствованным, либо искажённым.

Самая вероятная версия ведёт к названию рыбы нерки — тихоокеанского лосося, который водится на Дальнем Востоке и Камчатке. В русский язык слово пришло из ительменского или корякского языков. Прозвище Нерка могли дать человеку, который промышлял ловлей этой рыбы, торговал ею или же просто получил его за внешнее сходство — например, за красноватый оттенок лица или кожи (мясо нерки ярко-красное). Учитывая, что фамилия встречается в центральных и южных регионах России, а не только на Дальнем Востоке, прозвище могло закрепиться за переселенцами или за теми, кто был известен своей связью с «рыбным» делом.

Менее распространённая гипотеза связывает Нерку с диалектным глаголом «неркать» — в некоторых говорах так называли ворчание, брюзжание или негромкий плач. Тогда Нерка — прозвище ворчливого или плаксивого человека. Однако эта версия слабее: глагол малоупотребителен и не дал устойчивого ряда однокоренных фамилий, в отличие от «рыбной» линии. Кроме того, фамилии на -ин, образованные от прозвищ на -а, в русской традиции обычны, и Неркина вписывается в эту модель так же естественно, как, скажем, Сомин или Щукин.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, откуда шло активное освоение Сибири и Дальнего Востока. Именно там прозвище, связанное с неркой, могло закрепиться и потом распространиться с переселенцами. Сословной привязки нет: Неркины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками. Фамилия редкая, но не единичная — в документах XVIII–XIX веков встречаются записи о Неркиных в Пермской и Вятской губерниях.