Фамилия Неркин — редкий случай, когда географическое название легло в основу прозвища, а затем и фамилии, почти без изменений. Корень здесь — «нерк», что в ряде тюркских языков (например, в казахском, киргизском, башкирском) означает «груша». Однако гораздо вероятнее, что перед нами не плодовое дерево, а топоним: в Закавказье, особенно в Армении, есть много сел и урочищ с приставкой «Неркин» — «нижний» (в отличие от «Верин» — «верхний»). Неркин Геташен, Неркин Хотанан, Неркин Шоржа — все эти названия указывают на нижнее расположение поселения.

Если отталкиваться от тюркской версии, то прозвище Нерка могли дать человеку, торговавшему грушами или жившему у грушевого сада. Суффикс «-ин» в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Неркин, то есть «сын Нерки» или «человек из рода Нерки». Но фамилии на «-ин» в русской традиции чаще всего образовывались от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а/-я. Поэтому логично предположить, что основа Нерка — это усеченная форма от более длинного имени или прозвища, например, от Неркеш (тюркское имя) или от армянского Нерсес (через форму Нерко).

Вторая, более убедительная версия — фамилия Неркин имеет армянские корни, но оформлена по русской модели. В Армении фамилии часто образуются суффиксами -ян/-янц, однако при переселении в русскоязычную среду или при записи в документах армянский суффикс могли отбросить, а окончание заменили на «-ин». Таким образом, Неркин — это человек, происходящий из местности, в названии которой было слово «Неркин» (Нижний). Такие фамилии — «географические» — давали переселенцам, чтобы отличать их от однофамильцев из других сел. Встречаемость фамилии невысока, она распространена в основном в южных регионах России, в Ростовской области, Краснодарском крае и в Закавказье. Сословной привязки нет: носителями могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — всё зависело от того, в каком селе жил предок.