Фамилия Неркарян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной при помощи суффикса -ян. В армянском языке этот суффикс (наряду с -янц, -енц) указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка: буквально «из рода такого-то». Поэтому Неркарян — «из рода Неркара» или «принадлежащий Неркару».

Основа фамилии — «Неркар» — скорее всего, восходит к прозвищу или ремеслу. Самая вероятная версия: слово «неркар» в армянском языке означает «живописец», «художник» (от «нерк» — «картина», «изображение»). Предок носителя фамилии мог быть иконописцем, портретистом или мастером росписи. В армянской среде фамилии, образованные от названий профессий, очень распространены (Дарбинян — кузнец, Восканян — золотых дел мастер), и Неркарян вписывается в этот ряд.

Менее вероятна, но не исключена связь с топонимом — например, с названием села или местности. В Армении есть несколько населенных пунктов, в названии которых встречается корень «нерк», но убедительных данных о прямой связи с фамилией нет. Если бы фамилия происходила от места, она скорее имела бы суффикс -ци или -унц, хотя и -ян не исключает такой возможности.

Фамилия Неркарян не является сверхраспространенной, но встречается как в Армении, так и в армянских диаспорах (в России, США, Франции). В советское время, при паспортизации, написание закрепилось именно с окончанием -ян, хотя в западных диаспорах иногда встречается вариант Неркарьян (с удвоением через «ь»). Сословного подтекста фамилия не несет — ее мог носить как ремесленник, так и человек из духовного сословия, если речь шла о мастере церковной живописи.