Фамилия Нестоянов — один из тех редких случаев, когда корень слова сохраняет почти буквальный смысл древнего прозвища. В её основе лежит глагол «стоять» с отрицательной частицей «не». Самый прямой перевод: «тот, кто не стоит» — человек, который не может устоять на ногах, шатается, падает. В бытовой речи Древней Руси так могли назвать либо физически слабого, хилого человека, либо, наоборот, любителя выпить — «нестоящего на ногах» от хмеля. Оба варианта правдоподобны, и оба укладываются в народную традицию давать прозвища по заметной внешней черте или привычке.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии с суффиксом -ов образуются от прозвищ на -ой или -ый: Нестойкий → Нестойков. Но Нестоянов явно происходит от формы «Нестояный» — прилагательного, которое в старых говорах значило «нетвёрдый, шаткий, ненадёжный». Суффикс -ян- (-ан-) в таких прозвищах встречается реже, чем -к- или -л-, и указывает на качество как постоянное свойство, почти как клеймо. То есть прозвище Нестяный или Нестояный закреплялось за человеком прочно, на всю жизнь.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям. В документах XVII–XVIII веков следов Нестояновых почти нет — это говорит о позднем оформлении фамилии, скорее всего, уже после отмены местничества, когда крестьяне и посадские люди массово получали фамилии по прозвищам. Встречаются варианты написания: Нестаянов (с «я» в корне) и Нестоенов (с выпадением гласной) — оба объясняются местным произношением и неграмотной записью переписчиков.

Родственных фамилий по корню немного: Нестоящий, Нестойкий, Стоянов (антоним по смыслу). Сравнение с ними подтверждает, что Нестоянов — не от имени Нестор (как могли бы подумать из-за созвучия), а именно от глагольной основы. Нестор дал бы фамилии Несторов или Нестеров, а здесь корень другой.

Кем были предки Нестояновых? Скорее всего, крестьяне или ремесленники из центральной России, получившие фамилию по прозвищу, которое дали односельчане. Социальный статус — низший, без намёка на дворянство: прозвище слишком откровенное, чтобы его взял себе служилый человек. В советское время фамилия не исчезла, но осталась редкой — в современных телефонных справочниках носителей насчитывается не больше нескольких сотен по всей стране.