Фамилия Нестоцкий — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -цк-, который в восточнославянских фамилиях указывает на происхождение от названия места: села, местечка или усадьбы. Основа здесь — «Нест-», и самый прямой кандидат — топоним Нестор или его производные. Однако в польской и западнорусской ономастике есть конкретное село Нестор (Nieświeżский район, историческая территория Речи Посполитой), от названия которого и могли образовать прозвище, а затем и фамилию для выходца оттуда. Суффикс -ский в таком случае типичен для шляхетских фамилий, но со временем закрепился и за крестьянами, переселившимися в другие места.

Вторая, менее вероятная версия — от личного имени Нестор, которое в православной традиции носил летописец, а в католической — святой мученик. Имя греческое, означает «вернувшийся домой» или «странник». В этом случае фамилия могла выглядеть как Несторов или Несторин, а форма Нестоцкий — это уже вторичное образование, когда к основе имени добавили польский по происхождению суффикс, чтобы подчеркнуть принадлежность к определённому роду или месту. Такое встречалось в среде мелкой шляхты, которая часто «улучшала» фамилии под польский образец.

Фамилия Нестоцкий не распространена широко. В современных базах она встречается в основном в западных регионах России, Беларуси и на Украине — там, где проходила граница влияния польской и восточнославянской традиций. Носители могли быть как крестьянами, переселившимися из села Нестор, так и потомками обедневших шляхтичей, чья родовая усадьба носила похожее название. Из-за редкости фамилии каких-либо известных исторических фигур с ней не зафиксировано, что только подтверждает её локальный, «гнездовой» характер.