Фамилия Неженкина образована от прозвища Неженка, которое восходит к аналогичному существительному, имеющему значение «изнеженный человек». Вероятно, так прозвали изнеженного, избалованного, хрупкого человека. Согласно другой версии, Неженкой называли ласкового, приятного в общении, тонкого, манерного, воспитанного мужчину. Таким образом, прозвище Неженка могло указывать на особенности характера родоначальника Неженковых. Существует другая, менее правдоподобная гипотеза, по которой прозвище Неженка восходит к топониму Нежен. Возможно, что предок Неженкиных был выходцем из этого города.